В структуре Института социально-гуманитарных наук работает 2 научно-образовательных центра и лаборатория

1. Научно-образовательный центр евразийских исследований

Основным направлением в деятельности Научно-образовательного центра евразийских исследований является комплексное изучение процессов развития человеческого общества от древности до Новейшего времени на территории Северной Евразии.

2. Лаборатория миграционных исследований

3. НОЦ «Культурно-исторические исследования» 

Центр был создан по решению Ученого совета университета от 27 декабря 2004 г. Целью Центра является организация и развитие международной научной коммуникации для проведения в Университете научно-исследовательских работ, соответствующих  мировым стандартам, в области исторической науки и смежных гуманитарных и социальных наук, а также для подготовки специалистов, конкурентоспособных на международном уровне.